当李睿在江南大刀阔斧地进行着他的经济改革，准备将这个帝国最富庶的钱袋子彻底收入囊中之时，一个他始料未及却又在历史上必然会发生的巨大危机正在遥远的中原大地以一种比蝗灾还要可怕百倍的速度疯狂蔓延——大瘟疫。
崇祯六年，山西。一场史无前例的大旱之后紧接着便是一场同样史无前例的大瘟疫。最初只是零星的村庄出现了一些“热死”的病人，但很快这种发病急、死亡率极高的“疙瘩病”（即鼠疫）便如同燎原的野火一般迅速地席卷了整个山西，并开始向着周边的河南、北直隶疯狂扩散。
“……其病大率类伤寒，一二日辄死，甚者朝染夕亡。阖门相枕藉，死无遗类者。一巷百余家无一家仅存，一门百余口无一仅存者……”
当这份由锦衣卫用最惨烈的文字描绘出的人间地狱般的惨状通过秘密渠道送到李睿的案头时，即便是他这个见惯了尸山血海的“铁血总兵”在看完之后也不由得感到一阵阵的手脚冰凉。他知道那个在历史上真正为大明王朝敲响了丧钟的最终极的“死神”终于降临了。
鼠疫！这种在后世都需要动用国家级的力量才能勉强控制的甲级传染病，对于这个卫生条件极其落后、医疗知识几乎为零的时代而言无异于一场无法抵抗的末日天灾。他知道一旦让这场瘟疫蔓延开来，别说他那刚刚才起步的工业革命，就是整个华夏民族都可能在这场浩劫之中十室九空，元气大伤。
“大人，”孙元化看着那份密报，苍老的脸上也写满了深深的恐惧，“此乃天谴啊，非人力所能抗拒……”
然而李睿在经历了最初的震惊之后，他的眼中却再次燃起了那股与天斗、与地斗的不屈的火焰。天谴？不！在他这个来自后世的灵魂看来，这世上从来就没有什么救世主，也没有什么所谓的天谴。
他缓缓地站起身。
“传我将令！”他的声音冰冷却又充满了-种属于科学的理性的力量，“立刻封锁所有从山西、河南方向进入我辽西和山东地界的所有关隘！”
“成立‘大明皇家卫生防疫总署’！由我亲自督办！”
“我要在半个月之内研制出足以杀死这种‘病魔’的神药！”
他知道自己即将要面对的是一个比皇太极、比李自成都更加可怕也更加看不见的敌人。一场属于一个穿越者与一场足以毁灭一个文明的超级瘟疫之间的生死之战就在这压抑得令人窒息的空气中正式地拉开了序幕。
……
辽西综合研究院，化学研究所，最高等级的P3生物实验室内。这是李睿在得知瘟疫爆发之后立刻下令改造的一间全封闭实验室，所有进入的人都必须穿上由橡胶和多层棉布制成的、看起来如同鬼怪一般的“生化防护服”。
李睿亲自带领着从“保安堂”和西洋传教士中挑选出来的最大胆也最细心的十几名“研究员”日夜不休地在这里进行着一场与死神赛跑的实验。他们的面前摆放着的是几只从疫区冒死带回来的、已经感染了鼠疫死亡的老鼠尸体。
“都记住了！”李睿的声音透过厚厚的面罩显得有些沉闷，但语气却异常的严厉，“我们面对的是一种肉眼看不见的‘微小生物’，我称之为‘细菌’。它可以通过空气、水源、甚至是跳蚤叮咬进行传播。所以从现在起你们接触过的任何东西都必须用高度酒精和石灰水进行最严格的消毒！”
细菌、消毒、传染途径，这些超越了这个时代数百年的医学概念从李睿的口中说出，听得在场的每一个人都云里雾里，但他们看着李睿那前所未有的凝重神情，都知道自己正在参与一件足以决定无数人生死的大事。
李睿的目标很明确：在抗生素被发明出来之前，想要对抗鼠疫这种烈性传染病只有两种方法。第一是公共卫生防疫，通过隔离、消毒、灭鼠、灭蚤等手段切断传播途径。第二则是疫苗，通过提取减毒的病菌来激发人体自身的免疫力。
第一种方法他已经下令在辽西和山东全境强制推行了。而现在他要做的就是在这间小小的实验室里创造出这个时代本不该出现的奇迹——第一支原始的“鼠疫疫苗”。
他小心翼翼地用经过火焰消毒的手术刀切开老鼠尸体上那标志性的“淋巴结肿”，然后用一根同样经过消毒的玻璃棒蘸取了少量的脓液。他将脓液放入一个装满了生理盐水（由他亲自配制的纯净盐水）的试管中进行稀释，然后将其放入一个恒温箱（由蒸汽机提供热能的保温箱）中进行培养。
时间一分一秒地过去，实验室里的气氛压抑到了极点。所有人都紧张地注视着那个小小的试管，仿佛那里面装着的不是致命的病菌而是潘多拉的魔盒。
数日后当李睿通过他亲手打造的原始“显微镜”（由多组高精度打磨的水晶镜片组成）在那滴经过了数十代培养、毒性已经大大减弱的菌液中观察到了那些依旧在缓缓蠕动的、呈杆状的“小生命”时，他的眼中终于露出了一丝成功的喜悦。
他知道自己已经成功地培育出了第一批减毒的
