工藤新一总觉得琴酒不像好人，偷偷尾随了一阵，然后发现琴酒和伏特加，正在勒索一位社长。
工藤新一惊讶之余，立刻开始偷拍取证。却不幸被琴酒从后一闷棍敲晕，并灌下了一种组织特制的毒药。
琴酒的本意，是用毒药来杀人灭口。
谁知他走后，那颗药作用在工藤新一身上，却没能把这个头铁的侦探毒死，只是把他缩水成了一个小学生。
缩水版工藤新一醒后逃回家，在阿笠博士的提议下，化名“江户川柯南”，去了毛利家借住。
……倒不全是因为他喜欢跟毛利兰同居，主要是毛利兰的父亲毛利小五郎，开了一家侦探事务所。
而按照阿笠博士的脑回路，缩水版工藤新一需要：
用他出色的推理才能，帮毛利小五郎成为名侦探↓
名侦探毛利小五郎参与高等案件↓
通过那些案件，接触到给工藤新一灌药的黑衣组织↓
从黑衣人那里拿到变小毒药的样本↓
黑科技大佬阿笠博士研制出解药↓
柯南重新变回工藤新一↓
以名侦探的名义举报非法组织，把他们一网打尽。
……
工藤新一，或者说“柯南”。听完这些建议，矜持地表示博士说的非常有道理，很听话地搬去了毛利家。
刚到没多久，毛利小五郎就接到了一起委托。
——一个富豪的小女儿被黑衣人绑架了。富豪请他找出绑匪。
柯南一听到“黑衣人”，顿时想起了打晕自己的人，非要跟去查案。
查着查着，就循着踪迹，来到了二桥中学。
……
时间回到现在。
同一所中学门口。
江夏也回忆着剧透，想到了这一起绑架案。
他拧动车头改变路线。摩托一路轰鸣，绕到了“有杀气”中学的前门。
停下来一看，就见门口挂着的牌子上，赫然写着“二桥中学”。
江夏：“……”果然是这。
那个被绑走的富二代小女孩，就正被藏在这所学校的一间仓库里。
被绑架的小女孩，乍看可可爱爱，实则熊的出奇。
——她嫌父亲沉迷工作，不陪她玩，所以自己策划“绑架”自己，要求父亲休息一个月。
然而，就在熊孩子布置好一切，嘚瑟地坐在酒店中，等父亲答应她的条件时。
一个真正的绑匪，从旁边低调路过。
绑匪看到小女孩一个人坐在桌边，就顺手把人绑走了。
丢了孩子的富豪找来侦探后，柯南很快看破了一切真相。
他推测出了绑匪和小女孩所在的位置，骑着富豪家的狗，一路狂奔到了二桥中学，试图英雄救美。
然而柯南高估了自己缩水后的武力值。
他不光没救到小女孩，反而被绑匪
