都督府主管战时战略、战术的制定，调动指挥；
除了以上这些以部府命名的部门，还设立了几个特殊机构，其中有帝国皇家银行，掌管金融、信贷、储备；
帝国学府，为全国最高学府，负责培养国家专项人才；
帝国科学院，为最高科研机构，由原来的武备局演变而来；
帝国军工局，负责制造军工武器装备；
帝国情报局，负责收集整理情报、进行隐秘行动等任务。
这些部门除了部门的名称，长官的官职称为等，所有一切均是一应俱全，就连下设的分支机构和下级部门都被李患之一一标准，可谓是一份详细的组织架构及工作职能图表。
而第二份文牍上写的之天明帝国的军事改革内容，其中主要是对军队的架构进行了重新的规定，将各级单位及将领的官职也进行了系统的划分，其中规定除皇帝禁卫军之外，全国所有军队皆归国防部管理，而战时指挥权在五军都督府，五军都督府的大都督非常设官职，战时由皇帝任命，战后即免，避免大将拥兵自重。而大将军的职务也成为了荣誉职务，不再作为实际上的军队最高统帅。
新规规定，将原来天明帝国军队建制的十人一小旗，五小旗一总旗，两总旗一百户，十百户一千户、五千户为一卫，五卫为一军，分别以小旗官、总旗官、百户、千户、指挥使、将军为长官的建制彻底废除。
新建立了十人一小队，三小队为一旗，三旗为一司，三司为一营，五营为一旅，三旅为一军，五军为一府的战时主力作战建制，以队长、总旗、把总、千总、提督、都统、总督为各级长官，每府三十万一千九百九十八人；而在地方守备上，却区别于战时主力，将三营作为一团，五团作为一镇，以守备、镇抚使为长官，常驻地方守备，肃靖保民，守卫一方。
而海军方面也做出了相应的规划，以一艘战舰为基本单位，由舰长为长官，三舰为一中队，三中队为一大队，三大队为一支队，三支队为一分舰队，三分舰队为一舰队，共计作战舰艇243艘，以舰长、管带、统领、指挥使、提督、都统为长官统辖各级作战单位。
以上建制成为天明帝国的常规军事建制，最后统归国防部及东南西北中五府军管辖，每年军费预算都可以提前计划好，不至于出现靡费无度的情况，由于是以现在军队数量为基础再扩编整编，故而之后一旦落实就不易变动，即便出现战损也是按照这个数量进行补充，故而吃空额军饷等弊政便可以在很大程度上制止，成为日后天明帝国征伐四方的有利机制。
军职上，总督成为每府的最高军事长官，大将军成为荣誉职衔，不再掌握管理军队的权力，又增设骠骑将军、车骑将军、卫将军三种荣誉职衔，授予战功极高人员及临战指挥的最高将领。
除了国防部及五军都督府的军事体系之外，又设立禁卫军，分别建号为龙骧、虎贲、豹韬、飞熊、凤翔、鹰扬、广武、兴武、宣武、振武、英武、雄武、天策、神机、骁骑、神威、金吾、羽林十八营，每营按直属团建制五千人，总计九万人，由段雄威为禁军总领授卫将军衔加以统辖。
禁卫军负责戍卫京畿皇宫，是李患之的亲军，不受任何机构管辖，即便是段雄威也只有按女皇旨意统带之权，没有擅自调动之权，所以这支兵马是李患之给自己设置的兵权，其中龙骧、骁骑两军为骑兵，虎贲、豹韬、飞熊、凤翔、鹰扬皆是精锐攻坚重甲步兵，广武、兴武、宣武、振武、英武、雄武六营为精锐轻步兵及弓弩混合部队，天策为重甲守卫部队，神机为火枪营，神威为火炮营，金吾、羽林为李患之的戍卫亲兵，分别由许俦及云破军兼任指挥使之职。
这支禁军集合了李患之麾下最为精锐的部队组成，唯李患之之命是从，绝对的忠诚可靠，是李患之掌握中央机枢的武力保障，当然他最大的底牌还是他自己体内的那股神秘力量，但那不是可以轻易动用的力量，他现在还是要以平常人的方式来处理问题，不能过于惊世骇俗。
这一切的改革政策都要等到迁都之后才能施行，所以李患之先行说动了几位中枢阁大臣赞同迁都，之后才拿出这份文牍让他们一一过目，待众人观看已毕，均是长出了一口气，心中暗想女皇陛下这真是前所未有的大动作啊，这些机构和官职称谓可谓是闻所未闻，但是按照这文牍所述，那职能却是事无巨细均可包罗，也算是无懈可击。
