巾军展开决战，而是先对战场形势进行了细致的勘察与分析。
他发现，黄巾军虽然人数众多，但多为未经训练的农民，缺乏统一的指挥与精良的装备，且补给线过长；而自己率领的北军五校是东汉最精锐的中央军，战斗力强，但人数较少，不宜与敌军正面硬拼。
基于这一判断，卢植制定了“坚壁清野、步步为营”的作战策略：
首先，他下令加固冀州重镇广宗（今河北威县东）的城防，囤积粮草与武器，将广宗打造成抵御黄巾军的坚固堡垒。
同时，他派遣轻骑兵袭扰黄巾军的补给线，切断其粮食与军械的运输通道，迫使黄巾军陷入“久攻不下、粮草渐尽”的困境。
其次，在治军方面，卢植坚持“儒将治军”的理念。
他严格约束士兵，严禁烧杀抢掠，要求军队“不拿百姓一针一线”，同时以身作则，与士兵同甘共苦——行军时不骑马，与士兵一同步行；宿营时不设特殊营帐，与士兵同食粗粮。
这种“仁爱治军”的方式，极大地提升了军队的凝聚力与战斗力，士兵们皆愿为其效死。
在与黄巾军首领张角的对峙中，卢植展现出卓越的军事指挥才能。
张角多次率领黄巾军猛攻广宗城，卢植均亲自登上城楼指挥防守，凭借坚固的城防与士兵的奋勇抵抗，一次次击退敌军的进攻。
据《后汉书》记载，在一次激战中，黄巾军“死者万余，皆赴水而死”，而卢植率领的汉军则“伤亡甚少，士气大振”。
经过数月的坚守与反击，卢植逐渐掌握了战场主动权，将张角的主力部队围困在广宗城内，胜利在望。
然而，就在战局即将明朗之际，东汉朝廷的腐败再次影响了前线战事。
当时，宦官左丰奉命前往冀州视察军情，此人素来贪婪，希望卢植能向其行贿。
卢植性格刚正不阿，认为“军饷乃士兵性命所系，岂能私用行贿”，断然拒绝了左丰的要求。
左丰怀恨在心，回到洛阳后向汉灵帝诬告卢植“作战不力，故意拖延战局”。
汉灵帝昏庸无能，不辨是非，当即下令将卢植召回洛阳，革职查办，改派董卓接替其职位。
卢植的离去，成为冀州战场的转折点。
董卓虽为武将，却缺乏卢植的战略眼光与治军能力，上任后盲目冒进，导致汉军大败，黄巾军趁机突围，冀州战局陷入混乱。
直到后来皇甫嵩接替董卓，沿用卢植此前制定的策略，才最终平定了冀州的黄巾之乱。
而卢植虽因谗言蒙冤，但他在平定黄巾之乱中展现出的军事智慧与刚正品格，却赢得了朝野上下的广泛赞誉，也让世人看到了“儒将”的真正风采——既有文人的风骨，又有武将的谋略。
卢植被召回洛阳后，幸得朝中大臣皇甫嵩、王允等人的力保，才免于死罪，改判“减死罪一等”，贬为庶民。
但他并未因此心灰意冷，而是回到家乡涿郡，继续以讲学为生，等待为国效力的时机。
公元189年，汉灵帝驾崩，少帝刘辩即位，外戚何进辅政，东汉朝廷的政治斗争再次升级。
何进为铲除宦官势力，暗中召董卓率军进京。
卢植得知此事后，立即从涿郡赶赴洛阳，当面劝谏何进：“董卓为人残暴，野心勃勃，若召其进京，必为祸乱之源，不如早日打消此念。”
然而，何进刚愎自用，不听卢植的劝告，坚持召董卓入京。
不久后，何进被宦官杀害，董卓趁机率军进入洛阳，控制了朝政，开始了“废立皇帝、屠戮百姓”的独裁统治。
董卓掌权后，为巩固自己的地位，决定废黜少帝刘辩，改立陈留王刘协（即汉献帝）。
他在朝堂上召集文武百官，宣布自己的决定，满朝文武皆因畏惧董卓的权势而不敢反对，唯有卢植挺身而出，厉声说道：“昔太甲既立不明，伊尹放之桐宫；昌邑王嗣位，淫乱无度，霍光废之。今上富于春秋，行未有失，非前事之比也。”
卢植的话，既引用儒家经典中的“伊尹放太甲”“霍光废昌邑王”典故，说明废立皇帝需有正当理由，又直接指出少帝并无过错，董卓的行为不合礼法，堪称“冒天下之大不韪”。
董卓见卢植竟敢当众反对自己，勃然大怒
