基层军官，为“学正”。 统领百人规模的“舍”，是儒林卫最基础的战术单位指挥官。
正式成员，为“学士甲士”。 皆为通过考验的“入室弟子”，是构成儒林卫战斗力的基石。
其二，为晋升规则。
这套体系的核心，是一座为所有野心家搭建的、通往权力巅峰的“入仕之梯”。
初始职衔，以“贡献”定高低。 朱由检冷酷地将荣耀与地位，进行了明码标价。凡家世清白、粗通文墨的士绅、勋贵贵族子弟，欲入儒林卫，需向“内帑”捐献巨额财富或物资。贡献卓着者，可直授“学正”之位，这是金钱和家世所能买到的最高起点。
后续晋升，以“战功”为唯一标准。 诏令中明确规定：自“学正”以上，所有“祭酒”、“博士”等高级职衔，概不发卖。必须依靠在战场上立下的、无可辩驳的赫赫战功，以及对帝国做出的巨大贡献，由皇帝亲自擢升。
其三，为视觉与精神象征。
服制： 内部，是防护周密的玄铁札甲；外部，则套上一件为战斗改良的靛蓝色半袖儒袍，象征“以文御武”。
徽记： 胸口统一绣着“笔与剑”**的交叉标志，代表“书写罪恶，执行正义”。
战旗： 采用玄黑为底，上绣金色篆体“礼”字，代表他们是皇帝“新天理”的执行者。
圣物： 一尊由黄金打造的、手按长剑的“问罪先师像”，将作为儒林卫的军中圣物，随军出征，为他们所有的杀伐，提供“神圣”的合法性。
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孔贞运 (1574-1644)
他在崇祯朝晚期入阁，参与军国大事。李自成攻破北京后，他南下追随南明弘光政权，但不久后忧愤成疾，于1644年底在南京去世。虽然不是战死，但其一生为明朝鞠躬尽瘁，是南宗忠臣的代表。
孔兴燮 (?-1645)
孔贞运之子，孔子第60代孙。清军攻破南京时，他与家人留守。清军主帅多铎曾派人劝降，许以高官，但孔兴燮严词拒绝，说：“我父为明宰相，我为明臣子，国亡，惟有死而已，岂能降乎！” 最终，他与弟弟孔兴等家人一同投井或自缢，满门殉国，惨烈至极。他的事迹是“南孔殉国”最直接、最震撼的证明。
孔彦泾
孔子第60代孙，当时世袭南宗翰林院五经博士的宗主，记载不详，无法知道战死否，作为南宗的官方领袖，他在明亡后也保持了气节。虽然关于他结局的记载不如孔贞运家族那样详细，但整个南宗在明末清初没有出现像北宗那样主动投降的记录，其作为宗主的立场和表率至关重要。
