为官清廉刚正，因处理毕正义案得罪中书侍郎李义府，被贬为青州刺史。
高宗兵征讨百济之时，刘仁轨奉命督海运，海上大风不利航行，李义府强行督促出海，结果船队在途中遇风沉没，军士死伤严重。
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李义府对高宗奏道：不斩刘仁轨，无法向百姓谢罪。
舍人源直心反驳道：海风暴起，非人力所能预料。
岂可因此斩杀大将，自斫栋梁！
高宗于是将刘仁轨免职，以白衣随军。
李义府又示意郎将刘仁愿将刘仁轨杀死，因刘仁愿不忍而罢。
平定百济战后，刘仁愿被任为都护，镇守百济都城泗沘。
至此唐军大举征伐高句丽，因左卫中郎将王文度渡海时病亡，遂授刘仁轨检校带方州刺史，代替王文度统军。
刘仁轨领命，于是率军渡海东征，在百济登陆，与新罗军合兵，一起杀向泗沘城，前来援救刘仁愿。
百济复国军未料唐军来得恁快，仓促迎战，被城内外两面夹击，一战而退。
刘仁轨于是进城，与守将刘仁愿会合。
此时北方高句丽境内战报传来，说大元帅苏定方围攻高句丽都城平壤已久，战事不利，又值大雪，已经退出平壤。
刘仁轨阅览战报未毕，唐高宗遣使来下诏书：平壤战事不利，大军已回，卿等只据百济一城，朕忧不可独固。
为免陷于重困，卿等宜拔营移军以就新罗，共其屯守。
若新罗王子金法敏不需藉卿留镇其国，即宜泛海以还。
路途迢遥，奉旨即行，不须还报。
诸将士闻诏大喜，咸欲西归中原故乡。
刘仁轨思索半晌，却对诸将说道：《春秋》之义，大夫出疆，有可以安社稷、便国家之举，专之可也。
况在沧海之外，密迩豺狼者哉！
且人臣进思尽忠，有死无2，公家之利，知无不为。
主上欲吞灭高丽，先诛百济，留兵镇守，制其心腹。
虽妖孽充斥，而备预甚严，宜砺戈秣马，击其不意。
彼既无备，何攻不克？战而有胜，士卒自安。
然后分兵据险，开张形势，飞表闻上，更请兵船来伐可也。
诸将：强敌四围，我等寡不敌众，岂保必胜？
刘仁轨：朝廷若知其战有成，必当出师命将，声援才接，凶逆自歼。
非只不弃已成大功，实亦永清海外。
今平壤之军既回，熊津又拔，则百济余烬，不日更兴，高丽逋薮，何时可灭？且今以一城之地，居贼中心，如其失脚，即为亡虏。
我若拔营移兵东入新罗，又是寄人篱下之客，若有稍不如意，到时悔不可追。
况鬼室福信与僧道琛等为人凶暴，残虐过甚，扶余丰对其二人猜惑不信；彼等外合内离，鸱张共处，势必相害。
我等唯宜坚守观变，乘便取之，不可轻动，更不可还中国也。
众将闻言，俱都乐从。
刘仁轨于是将适才之语写成奏章，请来使带回，禀奏天子。
唐高宗看到刘仁轨之奏，十分满意，复传示文武，众臣也都交口称赞。
此后事态展，果如刘仁轨之料。
当时鬼室福信修建真岘城以守，因前番大败于泗沘，便缩回真岘，以修养元气。
因听闻唐军在高句丽战之不利，已经退兵，便谓百济留守唐师已成孤军，预备乘势再往攻伐。
刘仁轨早就猜着，于是先制人，遂引新罗军乘夜袭击岘城，攀墙而上，斩关落锁，杀死城卫，引外面早已埋伏以待大军入城。
夜半攻袭，拂晓破城而入，取得完胜。
真岘城破，鬼室福信侥幸逃脱。
唐军自此遂通新罗运粮之路，解除此前孤守泗沘，四面陷于敌围之困境，局面为之一新。
百济王扶余丰猜疑鬼室福信揽权，派人将其杀死。
于是复国军内部分裂，人心惶惶。
刘仁轨趁机严整其师，四处攻击，逐渐收复失地，继而进迫熊津。
扶余丰听闻唐军骤至，自忖不敌，遂急遣使到倭国太高句丽两处求援，一面命在熊津江口竖立两栅，以御敌军。
刘仁轨再与新罗兵联手攻打，攻破其栅，百济复国军被斩杀并溺死者一万多人，损失惨重。
僧道琛等人见事不妙，遂解除对府城泗沘包围，退守任存城。
当时新罗军队粮尽，返回其国，百济境内只余唐军独自支撑。
僧道琛于是自称领军将军，福信自称霜岑将军，招集徒众，势力越来越大。
刘仁轨兵少，便与刘仁愿合军，遗使报回长安。
唐高宗闻报百济情势严重，遂一面下诏命新罗出兵，一面派任雅相、契苾何力、苏定方、萧嗣业率军，水陆分道并进，再次东征。
当年新罗王金春秋已薨，其子金法敏即位，乃奉大唐天子之诏，派的将军金钦为帅，统军西征，以援助唐将刘仁轨。
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