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那些曾经忠于他的文臣与武将，几乎无一生还。
若以后世的眼光来看，可以说拥护皇权的一派被彻底消灭。
此时，文官一方的势力正处于上升阶段。
他杀掉于谦后，随即废除了于谦推行的京营兵制，重新恢复三大营的旧制。
这种做法，实质上是以另一种方式削弱文官对军队的掌控，以减少对自己的威胁。
对于漕运系统，他也进行了一次重要调整。
天顺元年，他对漕运事权进行了改组。
他加强了漕运总兵官与参将的权力，让他们与漕运总督一同负责整条运河的治理事务，并兼管河道管理。
同时，他重新提升勋贵对军队的统属，专门设立管理运河事务的十二名把总，整条运河自此牢牢掌控在这十二人手中。
其中，南京二人，江南直隶二人，江北直隶二人，中都凤阳一人，浙江二人，山东二人，湖广一人，江西一人。
这些把总由漕运总兵官与漕运参将直接统领，分管各地漕运事务，分辖各卫所的漕运兵力。
在天顺元年设立之初，这十二名把总所辖军队总计十二万人，运船逾万艘。
此外，还设有“遮洋把总”
一职，编制七千余人，海船三百五十艘，专门负责河道秩序与防卫，以及漕粮的海道运输。
这十三名把总统称为“运军”
。
这些把总职务，多由各地方卫所的指挥使或千户担任。
由于漕运总兵官和参将皆由勋贵担任，又手握重权，因此开始出现武将地位高于文臣的局面。
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